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第1話 出撃の日／在りし日の艦艇の魂を、その身に宿す少女「艦娘」。海の底より生まれくる敵性艦艇群「深海棲艦」と呼ばれる異形の敵に、唯一対抗できる存在である彼女たちは、人々と海を護るべく戦いの中に身を置いていた。しかし、圧倒的な物量を誇る深海棲艦隊の前に、彼女たちは傷つき、あるいは斃れ、戦局は大きく傾きつつあった。その中で…。